Penelitian di Universitas Trisakti dapat dibedakan menjadi penelitian internal yang dibiayai oleh Universitas Trisakti dan penelitian eksternal yang dibiayai oleh dana dari luar Universitas Trisakti. 

1. Penelitian eksternal secara garis besar terdiri dari menjadi penelitian dari hibah-hibah pemerintah terutama dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dan penelitian-penelitian terapan yang diselenggarakan oleh lembaga-lembaga pemerintah seperti Kementerian Riset dan Teknologi Republik Indonesia, berbagai Kementerian Republik Indonesia lainnya, Pertamina serta lembaga-lembaga internasional seperti WHO). 
2. Penelitian internal meliputi: 
   • Penelitian Unggulan Fakultas (PUF), yang bersifat mono-disiplin 
   • Penelitian tingkat Universitas yang dikelola oleh Lembaga Penelitian yang bersifat multi atau interdisiplin, yang meliputi: 
     • Penelitian Dosen Pemula (PDP) 
     • Penelitian Kerja Sama Luar Negeri (PKSLN) 
     • Penelitian Inovasi Berpotensi Paten (PIPP) 
     • Penelitian Pusat Studi (PPS)

Pendanaan tersebut diharapkan dapat menjadi stimulus bagi dosen biasa di lingkup Universitas Trisakti untuk membangun dan meningkatkan rekam jejak (track record) penelitian. Rekam jejak penelitian yang baik berkontribusi langsung untuk meningkatkan jabatan akademik dosen sebagai peneliti, sekaligus meningkatkan peluang peneliti Universitas Trisakti untuk mengikuti hibah penelitian kompetitif nasional dan hibah desentralisasi yang diselenggarakan oleh Kemendikbud BRIN. Selain itu rekam jejak penelitian yang baik seringkali dibutuhkan untuk menjalin penelitian kemitraan dengan berbagai lembaga dan institusi di dalam dan di luar negeri. 

Pelaksanaan penelitian internal mengacu pada Standar Mutu Penelitian Nasional yang diturunkan menjadi Standar Mutu Penelitian Universitas Trisakti. Oleh karena itu telah disusun Pedoman Kegiatan Penelitian dan pedoman lainnya yang terkait dengan kegiatan penelitian. Secara umum, pedoman ini merupakan revisi dari Pedoman Penelitian tahun 2010. Revisi disesuaikan dengan perkembangan kebutuhan untuk mencapai berbagai target di bidang penelitian pada khususnya. Hal mendasar revisi pada pedoman ini topik setiap usulan penelitian harus merupakan bagian dari Rencana Induk Riset Nasional (RIRN) 2017-2045 yang telah diakomodasi dalam Road Map Penelitian (RMP) Universitas Trisakti, yang memuat 4 (empat) fokus penelitian yaitu: Green Energy, Green Urban Environment, Green Society, dan Green Healthy Life seperti tercantum dalam Rencana Induk Penelitian Universitas Trisakti.

Untuk menjamin mutu penelitian maka 1 (satu) orang dosen tidak diperkenankan menjadi ketua pada 2 (dua) judul penelitian atau lebih pada tahun anggaran (atau tahun akademik) yang sama Proposal Penelitian Trisakti. Pembuatan proposal penelitian dilakukan pada rentang waktu yang ditentukan oleh Lembaga Penelitian, dan proposal yang masuk terlebih dahulu direview oleh Dewan Riset dan Pengabdian Masyarakat Fakultas (DRPMF) sebelum dikirim secara resmi dan terkoordinir kepada Lembaga Penelitian. Selanjutnya proposal yang telah dikirim ke Lembaga Penelitian direview oleh DRPMU untuk mendapatkan persetujuan pendanaan. Setiap peneliti yang memperoleh pendanaan perlu melengkapi Kontrak Penelitian agar diperoleh kesepakatan bersama mengenai hak dan kewajiban masing-masing pihak yaitu antara peneliti dengan Lembaga Penelitian sebagai pengelola kegiatan penelitian di Universitas Trisakti.

Keleluasaan diberikan kepada prodi dan fakultas untuk melakukan proses seleksi substansi dan menentukan proposal yang diusulkan untuk memperoleh pendanaan, namun harus diiringi dengan proses seleksi dan monitoring evaluasi yang memenuhi standar mutu penelitian. Monitoring dan evaluasi (monev) oleh reviewer yang kompeten sangat diperlukan agar kualitas penelitian dapat dipertanggungjawabkan dan sesuai dengan standar penelitian nasional. 

Peneliti yang tidak dapat menyelesaikan kegiatan penelitian sesuai dengan proposal hingga akhir tahun akademik maka tim peneliti (ketua dan anggota peneliti) tidak diperkenankan menjadi mengajukan proposal penelitian dengan judul yang baru baik sebagai ketua maupun anggota peneliti pada tahun akademik berikutnya. Sebaliknya, Laporan Akhir Penelitian serta luaran penelitian terbaik berpeluang mendapatkan penghargaan pada acara Dies Natalis Universitas Trisakti. Penghargaan ini diharapkan dapat menjadi stimulus untuk meningkatkan kinerja penelitian para dosen. 

Dosen dan mahasiswa dapat melaksanakan penelitian bersama sesuai dengan road map (peta jalan) penelitian dosen yang merujuk pada road map penelitian Universitas Trisakti dan road map penelitian fakultas. Kesesuaian penelitian dosen dan mahasiswa dengan road map penelitian dapat dievaluasi dan dimonitor, dan hasilnya dapat dimanfaatkan untuk perbaikan relevansi penelitian dan pengembangan keilmuan program studi.